Le tribunal administratif a considéré que la composition du conseil d'administration de l’établissement comprenant un seul représentant du personnel élu alors que les dispositions de l’article L. 1341-4 du code général des collectivités territoriales sur la composition des établissements culturels exige la présence au conseil d'administration d’au moins deux représentants du personnel est irrégulière.
Mais au regard de l’intérêt général compte tenu des conséquences d’une disparition immédiate et rétroactive de la personnalité morale de l’établissement public de coopération culturelle « Musée des confluences », il a considéré qu’il y avait lieu de différer l’effet de l’annulation jusqu’au 1er janvier 2019.